La mayor parte de la documentación de la Secretaría es Correspondencia, bien con otros miembros de Casas Reales europeas, presidentes o ministros de gobierno, militares, eclesiásticos o simples particulares. Entre estos últimos figuran aristócratas, personajes conocidos del mundo de la cultura, o personas anónimas que escriben al Rey, bien por adhesión, simpatía o con peticiones particulares. El contenido de esas cartas otorgan a la serie de correspondencia un interés que traspasa lo estrictamente “doméstico” de la Real Casa, pues existe mucha correspondencia relacionada con política interior o exterior de España, como los conflictos bélicos en Marruecos, Cuba, Puerto Rico y Filipinas. Mención especial merece la actuación humanitaria llevada a cabo durante la I Guerra Mundial en las series de la “Oficina de Guerra Europea”, creada dentro de la Secretaría Particular de Alfonso XIII durante la contienda.

Entre las series que contiene, podemos destacar las siguientes:

• Reales Caballerizas: aquellas que tienen que ver con los diferentes oficios de manos, como las "Cuentas de gastos ordinarios y extraordinarios" y las "Cuentas de maestros de coches". También se conservan en la Veeduría numerosas "Contratas de oficios y proveedores", "Inventarios de efectos del Guadarnés" e "Inventarios de desechos, de caballerías, coches y otros bienes desechados". También hay abundante información relativa a viajes y "Cuentas de jornadas y batidas", con las relaciones de los criados de las diferentes oficinas y cuarteles que iban a cada jornada y el pago de las mesillas correspondientes, además de las numerosas cuentas de los oficios por los gastos que acontecían. No menos importantes son los gastos relativos a "Entradas y salidas públicas" y otros acontecimientos de carácter cortesano.
• Real Cámara: destacan las "cuentas de gastos", presentadas por el jefe del Guardarropa y el boticario mayor, como por ejemplo las plantas medicinales y todo tipo de sustancias orgánicas y minerales para la preparación de medicamentos, efectos para la Botica y otros gastos menores.
• Real Casa: se conservan las "Cuentas de gastos extraordinarios", en las que aparecen numerosas facturas de los pintores que realizaron los modelos de tapices destinados a las habitaciones de los diferentes palacios, y en las de gastos ordinarios se conservan gran número de facturas y recibos de numerosos oficios de manos. También a través de las cuentas de gastos ordinarios y extraordinarios de los oficios podemos documentar algunas fiestas, por ejemplo, el Carnaval o la Semana Santa. Igualmente se conservan relaciones, notas, borradores de informes, sin aparente unidad, que eran elaborados por el grefier a petición de cualquier jefe de la Real Casa, y que documentan la celebración de determinadas fiestas o actos extraordinarios en palacio. Otra serie es la generada en las oficinas del contralor y grefier que tiene que ver con las numerosas contratas de proveedores. Pero si lo que tratamos de documentar es el desarrollo de una jornada se conserva entre las series documentales de la Real Casa una muy extensa denominada expedientes de jornadas y jornadillas o batidas, que nos informa del trámite y desarrollo de cada jornada y de los gastos de su ejecución.
• Real Capilla: la serie de expedientes de la Secretaría de Estado de Hacienda nos informa sobre los gastos en la adquisición y fabricación de alhajas, vestidos y ornamentos litúrgicos de la Real Capilla, como por ejemplo, la custodia grande, la pequeña, oratorios portátiles de los infantes, ternos o libros de coro.

Felipe II adquirió diversos bienes raíces que fueron donados al Monasterio de San Lorenzo de El Escorial para su fábrica y mantenimiento, extensas propiedades rústicas más o menos cercanas al Monasterio, y ricas en pastos, madera, caza y pesca, pero también aprovechamientos agrícolas. En concreto se trata de las Dehesas de Santo y Quexigal en Ávila y El Espadañal y Los Guadalupes en Cáceres.

Todas ellas estuvieron bajo jurisdicción del prior de San Lorenzo hasta el siglo XIX, en que revertieron al Real Patrimonio, dependientes del Real Sitio de San Lorenzo hasta su definitiva enajenación a partir de 1868.

Las series que lo componen son de cuentas y correspondencia oficial relativa al gobierno y administración, así como expedientes sobre jurisdicción.

También debe destacarse que existe numerosa documentación en los fondos del Patronato y del Real Sitio de San Lorenzo de El Escorial.

El palacio, fortaleza y ciudadela de La Alhambra, que había sido residencia de los sultanes nazaríes, pasó a engrosar el Patrimonio Real en 1492, cuyo gobierno recayó en el conde de Tendila, Capitán General de Granada, hasta que en 1718 Felipe V desposeyó de sus cargos al Marqués de Mondéjar, heredero del anterior. Durante los primeros años tras la conquista se llevaron a cabo numerosas e importantes reparaciones que culminaron con la construcción a partir de 1526 del Palacio de Carlos V como residencia real.

Inicialmente, al conjunto de La Alhambra se añadieron rentas y derechos, como el tercio del agua de la Real Acequia, así como fincas rústicas y urbanas en la ciudad de Granada, entre ellas las casas, tierras, aguas, dehesas y sitio de la Alcaicería con sus tiendas, que se acrecentaron con las confiscaciones de bienes tras la expulsión de los moriscos.

La dotación para el mantenimiento del Real Sitio se consignó en 2.000 ducados de diferentes rentas: de la farda, de hábices y penas de cámara de Granada, Loja, Alhama, Motril, Almuñécar y Salobreña. También se dotó con juros sobre las rentas de azúcar, sal y seda de Granada, Sevilla, Málaga y Carmona. En 1750 se ordenó el reintegro a la Corona de esos juros, junto a los de Aranjuez y Sevilla.

Desde 1604 se aplicó también el sobrante de pesca, caza, hierba y madera del Real Soto de Roma hasta 1700.

Junto a estos ingresos deben destacarse los numerosos censos y arrendamientos sobre aguas, especialmente de la Real Acequia, y sobre fincas rústicas.

De acuerdo con la Ley sobre el Patrimonio de la Corona de 18 de diciembre de 1869, la orden de la Regencia del Reino de 10 de febrero de 1870, se cedió el conjunto de La Alhambra al Patrimonio del Estado, como Monumento Histórico-Artístico La Alhambra.

Entre la documentación conservada destacan, entre otras, las series sobre arrendamientos de tierras y fincas de las reales posesiones de la Alhambra, así como expedientes de aguas con originales y copias de documentos sobre la traída de aguas del río Darro, numerosos expedientes de obras desde el siglo XVII en la Alhambra y casas pertenecientes a la Administración, documentación relacionada con el personal, cuentas y expedientes judiciales.

Las propiedades medicinales del manantial que forma el río Cuervo a su paso por el Valle del Solán (Cuenca), eran conocidas desde el S. XVII, cuando, según la tradición, algunos cabreros notaron que sus animales enfermos sanaban tras frecuentarlo.

Pedro Fernández de Lerena, ministro de Hacienda de Carlos III, que curó de una enfermedad gracias a las aguas, construyó una instalación de baños y una casa hospedería hacia 1787: un edificio de dos plantas en torno a un patio con galería en ambos pisos con veinte habitaciones para otras tantas familias de bañistas, además de otras dependencias.

El propio Fernández Lerena, fue la causa de que en 1790 Carlos IV lo convirtiera en Real Sitio. Por Real Cédula de 10 de abril se manda acotar y cerrar el Sitio de Solán de Cabras, reintegrando el valor de sus terrenos al lugar de Tobar y a la villa de Beteta. Así mismo se dispone que en lo gubernativo y económico dicho Sitio se independice de la villa de Beteta, y se sitúe bajo la dependencia de un gobernador con subordinación inmediata al Rey por la vía reservada de Hacienda

Tras la guerra napoleónica el administrador del Real Sitio elevó una memoria solicitando mejoras. Los médicos de Cámara aconsejaron que la reina Mª Josefa Amalia de Sajonia que tomase esta agua, y así los reyes fueron a Solán en 1826. El Real Sitio, beneficiado con algunas mejoras con motivo de esta visita, continuó perteneciendo íntegramente al Real Patrimonio durante todo el reinado de Isabel II, si bien la gestión del balneario estuvo a cargo de una entidad arrendataria desde 1834 con Mª Cristina de Nápoles, la Reina Gobernadora.

La Administración del Real Sitio y Baños Reales de Solán de Cabras desapareció en 1869 pasando a depender desde entonces del Ministerio de Hacienda a través de la Dirección General del Patrimonio que fue de la Corona.

Entre la documentación conservada destacan, entre otras, las series sobre arrendamientos y aprovechamiento y subasta de madera, obras y todo lo relacionado con la administración del Real Sitio, pero también en particular con el establecimiento de baños que fue el origen de dicha Administración, como expedientes de adquisición de material quirúrgico y productos médicos, y documentación contable.

Como ejemplo de sus políticas económicas, Felipe V ordena, por Real decreto de 19 de junio de 1746, la compra del lugar de Torrejón de la Ribera (Madrid) con todo su término y las zonas aledañas al río Jarama para incorporarlos al Patrimonio de la Corona con fines de “utilidad pública”. El principal objetivo de la compra era la instalación de una serie de fábricas textiles, pero a pesar de la calidad de las manufacturas, el proyecto no fue rentable y su fábrica más emblemática terminaría trasladándose, unos años más tarde, a Brihuega.

A partir de la segunda mitad del siglo XVIII, el Real Sitio se dedicó a nuevas actividades económicas. En la antigua fábrica se estableció un hospicio y se crearon nuevas instalaciones dedicadas al papel, molinos y batanes.

A principios del siglo XIX se compró a Godoy el Soto de Aldovea, así como los de Galapagar, Vaciabotas, Quintana y Torrejón, anexionándose los despoblados de Daracalde, Viveros, Bollero, Baezuela y el de la villa de Mejorada.

Años más tarde, se llevaron a cabo varios intentos para frenar la progresiva decadencia iniciada durante la Guerra de la Independencia con la instalación de nuevas fábricas, realizándose, además, grandes plantaciones de frutales, pero, finalmente, en 1869 se cedieron todas estas propiedades al Ministerio de la Gobernación para establecer en su suelo una colonia agrícola.

De las series conservadas destacan las relativas a gobierno y administración, arrendamientos, contabilidad, títulos de propiedad, y las relacionadas con abastos, cultivos y explotaciones agrícolas, cuarteles, fábricas y molinos, hospicio, urbanismo, y gestión de personal.

Vinculada al interés del infante Antonio Pascual por los baños termales existentes en la dehesa de Las Pozas, la aprobación de las ordenanzas del Real Sitio de Sacedón por el Consejo de Castilla se produce el 9 de septiembre de 1802.

Tras el fallecimiento del Infante en 1817, los reyes Fernando VII e Isabel de Braganza visitaron varias veces el balneario y llevaron a cabo obras de mejora y ampliación de los baños, así como la construcción de un palacio y de una nueva población que llevaría el nombre de La Isabela en honor de la Reina.

Tras unos años de vinculación al Patrimonio de la Corona, el Sitio se desagregó de éste y se adjudicó al Ministerio de la Gobernación por la Ley de desafección de 1865.

Entre las series conservadas destacan, entre otras, los reglamentos y ordenanzas, y las relacionadas con el abastecimiento del Real Sitio, gestión y administración de tierras (arrendamientos, títulos de propiedad...), obras en los diferentes edificios del Establecimiento, personal y contabilidad.

La formación del Real Sitio de La Florida se produce a finales del siglo XVIII, cuando, entre los años 1786 y 1803, los reyes Carlos IV y María Luisa de Parma adquieren numerosas propiedades entre el Palacio Real y El Pardo para configurar un nuevo espacio de recreo y esparcimiento próximo a Palacio.

Su centro se establece en torno al Palacio de La Florida, hoy desaparecido y obra del arquitecto italiano Felipe Fontana, autor también de la ermita de San Antonio de La Florida.

A partir de 1816, cuenta, además, con la Real Fábrica de Loza y Porcelana, mandada construir por Fernando VII. Tras la Revolución de 1868, el nuevo Gobierno provisional cedió el Sitio al Ministerio de Fomento para la construcción de la Escuela de Agricultura.

Entre las series documentales podemos encontrar las relacionadas con la administración de las tierras, como arrendamientos y aprovechamientos agrícolas, y personal. Hay que destacar sin embargo documentación relativa a la Fábrica de Loza, Palacio de la Moncloa y ermita de San Antonio de la Florida, posesiones incluidas en la administración de este Real Sitio.

La Reina María Cristina compró en 1832 una finca en Carabanchel, propiedad del coronel Pablo Cabrero, dónde existía un establecimiento público de recreo. Entre 1832 y 1836 compró las parcelas colindantes hasta un total de 52. María Cristina construyó, sobre el primitivo establecimiento público, un palacio, conocido después como Palacio Viejo, de María Cristina o de Invierno. Prueba del afecto de la Soberana por Vista Alegre es que durante su exilio en París a partir de 1840 se hizo llamar Marquesa de Vista Alegre.

En 1846 donó la Quinta a sus hijas la Reina Isabel II y la Infanta Luisa Fernanda por escritura pública de cesión otorgada el 5 de marzo. Al año siguiente la Reina compraba unas tierras a la Condesa de Montijo y de Miranda para agregarlas a la Real Posesión.

Posteriormente, en el año 1859, el Marqués de Salamanca la compró a los duques de Montpensier y, tras su muerte, la finca fue vendida por sus herederos al Estado.

En la documentación conservada destacan, entre otras, las series de contabilidad, así como expedientes de obras, adquisiciones y ventas de tierras y correspondencia, y especialmente registros relativos a su administración.

Las Dehesas del Valle de Alcudia pertenecieron a la Orden de Calatrava. En 1792 fue otorgado a Manuel Godoy el título de Duque de Alcudia y con él la cesión de 99 millares y medio que habían pertenecido a las Temporalidades, bienes de la Compañía de Jesús. Tras la caída de Godoy y la confiscación de sus bienes, la dehesa de Alcudia pasó a ser administrada por la Superintendencia de las Minas de Almadén.

En 1809 la administración francesa vendió los 99 millares de Temporalidades, aunque la venta quedó anulada con la vuelta de Fernando VII, lo cual condujo a un periodo de conflictos con los compradores, que reclamaban derechos adquiridos.

En 1823, la Dehesa de Alcudia pasó de nuevo al Patrimonio Real hasta la revolución de 1868. Finalmente, en 1870, por Orden de la Regencia del Reino de 14 de septiembre pasaba a depender de la Dirección General de Propiedades y Derechos del Estado.

En la documentación conservada destacan, entre otras, las series sobre gobierno y administración de las dehesas, como Reales órdenes, reglamentos y ordenanzas, arrendamientos, aprovechamientos agrícolas y ganaderos y caza. También hay series relacionadas con el personal del Real Patrimonio, contabilidad y documentación judicial.

El palacio que originaría la Administración Patrimonial de Valladolid nunca fue una fortaleza medieval, sino una residencia construida en el siglo XVI y habitada por Carlos I, que fue comprada por la Corona en 1601 al instalarse en Valladolid la Corte.

En 1600, la Casa de Francisco de los Cobos, junto con la contigua del Conde de Fuensaldaña fueron adquiridas por el duque de Lerma, quien finalmente se las vendió a Felipe III, al trasladarse la Corte a Valladolid en 1601. Posteriormente, el monarca compraría y anexionaría al conjunto la Casa de los Condes de Miranda.

La Corte habitó el Palacio Real de Valladolid hasta la primavera de 1606 en que se trasladó nuevamente a Madrid.

El Palacio Real de Valladolid se desvinculó del Real Patrimonio en el reinado de Carlos III, al ser dedicado a Chancillería y Audiencia; Con posterioridad continuaría siendo propiedad de la Corona, aunque adscrito a diversos servicios gubernativos, hasta que en el siglo XIX pasó a ser Capitanía General.

Complemento del Palacio eran dos Casas Reales de recreo en las inmediaciones de la ciudad: la Huerta de la Ribera y el bosque del Abrojo.

La Huerta de la Ribera, también conocida como Huerta del Rey, fue igualmente vendida por el duque de Lerma a Felipe III. Situada en la otra orilla del Pisuerga, se podía acceder a ella desde el Palacio por un pasadizo que iba a un mirador sobre el río, y desde allí, en góndola. Lo más destacable del conjunto eran los jardines, el principal y el del parquecillo. Fue vendida en el S. XIX.

Por su parte El Abrojo fue en principio un Cuarto Real mandado construir por Isabel La Católica en el convento franciscano de Scala Dei del Abrojo y reedificado posteriormente por el Emperador Carlos I.

En la documentación conservada destacan, entre otras, las series relacionadas con abastecimiento de aguas, arrendamientos de fincas, títulos de propiedad, subastas, es decir con la administración de los bienes inmuebles, así como personal y obras en el Palacio Real de Valladolid y documentación de contabilidad.

La Bailía General de Valencia, creada tras la conquista de Jaime I, fue sustituida por el Intendente General del Ejército a partir de la abolición de los fueros en 1707. En 1814, se modificó la organización administrativa con la desaparición de la Intendencia General, y reemplazada por la Bailía General de Valencia, que incluía una contaduría, así como jurisdicción privativa. En 1865 fue suprimida definitivamente, y el patrimonio fue siendo progresivamente desamortizado.

El patrimonio se componía de gran número de propiedades inmuebles y raíces entre las que destacaban el palacio real de Valencia, la Albufera (“el lago de la Albufera”), la acequia real de Alcira, el “pantano” de Alicante (a partir de 1739) y diversos inmuebles en Valencia y otras localidades.

Además de numerosas fincas rústicas repartidas por todo el reino, debe destacarse el cobro de importantes impuestos (tiraje, lezda de tierra y de mar, diezmos, derecho de cops, almudinage, etc.), así como monopolios sobre pesos y medidas, derechos de escribanía, etc.

La Bailía General de Valencia es la administradora de los derechos y rentas del patrimonio real y además tiene la presidencia de los bailes locales, por lo tanto, la documentación conservada es la generada por el gobierno y administración tanto de la Bailía General como de las Bailías de Alcoy, Almusafes, Alicante, Alcira, Onteniente y Murviedro (Sagunto).
Se trata de expedientes de arrendamientos de los bienes inmuebles pertenecientes a la Corona, títulos de propiedad, así como expedientes relacionados con la recaudación de derechos y monopolios. También se conserva documentación del Palacio Real de Valencia, obras y personal, y contabilidad.

En el siglo XIX pertenecían al Patrimonio Real varios bienes y derechos en el Reino de Navarra, de cuyo gobierno, dirección y administración se encargaba la Cámara de Comptos, hasta su desaparición en 1836.

Según informe de dicha institución, las fincas pertenecientes al Patrimonio Real en esta fecha eran Las Bárdenas Reales, los Montes de Andia en la provincia de Guipuzcoa, los montes reales de Alaiz y Orraun, junto a Pamplona, la sierra de Sarvil y Alaiz, también cercana a Pamplona y la heredad del Espartal o Faja del Rey en Fustiñana sobre el canal de Tauste. El Real Patrimonio ingresaba procedente de estas posesiones el producto de derechos de pastos y de siembra, multas y lo producido por los derechos de aprovechamiento de madera y carboneo o arrendamiento de tierras. Igualmente pertenecían al patrimonio regio el derecho que pagaban las almadías a su paso por el puente de Sangüesa, y derechos sobre la sal y los frutos de cáscara que se introducían en Pamplona, así como censos o juros impuestos sobre varias fincas particulares.

De su gobierno y administración se encargaba la Cámara de Comptos hasta su desapariciónen 1836. A partir de esta fecha se creó la Administración del Real Patrimonio de Navarra, más tarde Subdelegación del Real Patrimonio de Navarra.

Durante el reinado de Isabel II se procedió a la enajenación de las fincas y montes pertenecientes a este patrimonio, que fueron adjudicados al Estado con arreglo a la ley de 12 de mayo de 1865.

El grueso de la documentación son expedientes formados por correspondencia con la Administración del Patrimonio de Navarra referida fundamentalmente a la administración, litigios y pleitos con los pueblos, contabilidad y enajenación de bienes.

Desde el siglo XIII, el Real Patrimonio de Cataluña era administrado por el Baile General. El cargo fue abolido en 1716, siendo sustituido en sus competencias por el Intendente General del Ejército y Principado. También las reformas de las Real Casa y Patrimonio llevadas a cabo por Fernando VII dieron lugar al restablecimiento de la Bailía en 1816 hasta su desaparición definitiva a principios del siglo XX (1910).

La Corona contó con una importante serie de bienes, rentas y derechos. Entre los primeros se encontraban el Palacio Real y la capilla de Santa Águeda, la casa de la Inquisición y la de la Puerta del Ángel en Barcelona, casas en Cervera, Tarragona, San Carlos de la Rápita y Vallfogona de Balaguer, y el castillo de Pals; fincas rústicas en Barcelona, Bellver, San Carlos de la Rápita, San Martí de Provençals y Vallfogona de Balaguer. También la Real Acequia de Barcelona o la de San Carlos de la Rápita.

Además de todos estos bienes inmuebles, deben destacarse los numerosos censos, así como las rentas “eventuales” de Pals, peso real de Barcelona, medidas de granos de Barcelona, entradas de establecimientos y la real cabrevación.

El Real Patrimonio de Cataluña desapareció en 1868, aunque quedó un encargado del archivo hasta su entrega al Cuerpo Facultativo de Archiveros y Bibliotecarios en 1910.

La Bailía General de Cataluña es la administradora de los derechos y rentas del patrimonio real en el Principado de Cataluña y además tiene la presidencia de los bailes locales, por lo tanto, la documentación conservada es la generada por el gobierno y administración de esta institución. Se conservan reglamentos y ordenanzas, expedientes de administración de los bienes inmuebles pertenecientes al Real Patrimonio (arrendamientos, aprovechamientos agrícolas, subastas y contratas, títulos de propiedad...), así como series relacionadas con la recaudación de los derechos pertenecientes a la Corona, administración de personal, y obras.

La Bailía General del Real Patrimonio Balear es la administradora de los derechos y rentas del patrimonio real y además tiene la presidencia de los bailes locales, por lo tanto, la documentación conservada es la generada por el gobierno y administración tanto de la Bailía General como de la Bailía de Menorca y de Ibiza.

Se conservan reglamentos y ordenanzas, expedientes de administración de los bienes inmuebles pertenecientes al Real Patrimonio (arrendamientos, aprovechamientos agrícolas, títulos de propiedad) y también series relacionadas con la recaudación de los derechos de la Corona, administración de personal, y obras, especialmente en el Palacio de la Almudaina, además de abundante contabilidad.

La documentación existente en el Archivo pertenece prácticamente en su totalidad al periodo comprendido entre 1815 y 1849, aunque haya algunos expedientes sueltos muy escasos de fecha anterior o posterior. En general, la documentación se refiere a diversas investigaciones llevadas a cabo por orden de la Real Casa acerca del patrimonio en Aragón o estados de rentas enviados por el Intendente, así como expedientes relacionados con la abolición de dicho patrimonio.

La Real Hermandad fue creada por iniciativa de varios criados de la Real Casa en 1604, estando la Corte en Valladolid, con el fin de socorrerse y prestarse ayuda mutua tanto espiritual como material (en el fallecimiento y entierro de criados, ayuda a viudas y huérfanos, etc.). Cuando la Corte se trasladó a Madrid, la Real Hermandad se estableció en la iglesia de San Felipe el Real y posteriormente, en 1618, en la del Monasterio de la Encarnación, donde permaneció hasta su extinción en 1868.

Durante su larga existencia solo permaneció inactiva durante la época napoleónica, pues en 1810 dejaron de celebrarse juntas, no volviéndose a reiniciarse su actividad hasta 1815.

El rey fue patrono de la Hermandad y el mayordomo mayor su protector nato. A él se debe el gobierno material de dicha hermandad, siendo el patriarca de Indias el encargado de su gobierno espiritual. Cargos de dicha Hermandad eran los consiliarios, secretario, contador, tesorero, archivero, mayordomos (encargados de las celebraciones de iglesia) y diputados. Además la Hermandad celebraba juntas particulares (a las que concurrían los hermanos con cargo y que eran denominadas de gobierno) y generales (donde concurrían todos los hermanos). La fiesta principal se celebraba el 25 de marzo, fiesta de la Encarnación.

La Real Hermandad acudía a los entierros y honras fúnebres de miembros de la Familia Real con su estandarte y a otras funciones públicas. Prestaba asistencia a los criados de la Real Casa en sus enfermedades y entierros, así como a las viudas y huérfanos.

La documentación de este fondo contiene constituciones y ordenanzas, bulas y otros privilegios concedidos a la Hermandad, actas de las juntas, solicitudes para el ingreso de hermanos, patentes de hermanos, expedientes de Secretaría y contabilidad.

El 10 de septiembre de 1752, fecha en que se bendijo la nueva iglesia de Nuestra Señora del Rosario en el Real Sitio de San Ildefonso, los maestros grabadores alemanes de la Real Fábrica de Cristales de San Ildefonso solicitaron a la reina Isabel de Farnesio la concesión de una capilla en dicha iglesia para dedicarla a San Juan Nepomuceno, lo cual les fue concedido por Real Decreto de 16 de septiembre de dicho año. Esta concesión fue la base para la fundación de la Real Congregación de San Juan Nepomuceno catorce años más tarde, por Decreto del Ilustrísimo Abad de San Ildefonso de 28 de febrero de 1766.

Para su gobierno se formaron Constituciones en este mismo año de su fundación, que serían reformadas en 1777 y posteriormente, en 1829.

Según estas Constituciones, la Congregación se situaba bajo la protección real perpetua, y el gobierno espiritual recaía en el Canónigo Penitenciario de la Real Colegiata y Abad del Real Sitio de San Ildefonso, siendo los cargos principales el Hermano Mayor y su teniente, los consiliarios, el secretario, el contador y el tesorero. Otros empleos de la Congregación eran el maestro de ceremonias, los comisarios de fiestas, mayordomos de altar, camareras, celadores de difuntos y cobrador.

Los congregantes se reunían en juntas generales o particulares para decidir sobre los asuntos de la Congregación. La última junta tuvo lugar el 13 de septiembre de 1835. A partir de esta fecha quedó casi sin congregantes debido a la separación y disminución de empleados de la Real Casa.

A pesar de algún intento posterior de restablecer la Congregación, lo cierto es que ésta desapareció, aunque siguió existiendo la Capilla de San Juan Nepomuceno, para cuya administración se nombró el primer rector en 1842 en la persona de Tomás Muñico. Posteriormente serían nombrados Tomás Pérez Sandonis en 1886 y Santos García Pérez en 1911.