El 10 de septiembre de 1752, fecha en que se bendijo la nueva iglesia de Nuestra Señora del Rosario en el Real Sitio de San Ildefonso, los maestros grabadores alemanes de la Real Fábrica de Cristales de San Ildefonso solicitaron a la reina Isabel de Farnesio la concesión de una capilla en dicha iglesia para dedicarla a San Juan Nepomuceno, lo cual les fue concedido por Real Decreto de 16 de septiembre de dicho año. Esta concesión fue la base para la fundación de la Real Congregación de San Juan Nepomuceno catorce años más tarde, por Decreto del Ilustrísimo Abad de San Ildefonso de 28 de febrero de 1766.

Para su gobierno se formaron Constituciones en este mismo año de su fundación, que serían reformadas en 1777 y posteriormente, en 1829.

Según estas Constituciones, la Congregación se situaba bajo la protección real perpetua, y el gobierno espiritual recaía en el Canónigo Penitenciario de la Real Colegiata y Abad del Real Sitio de San Ildefonso, siendo los cargos principales el Hermano Mayor y su teniente, los consiliarios, el secretario, el contador y el tesorero. Otros empleos de la Congregación eran el maestro de ceremonias, los comisarios de fiestas, mayordomos de altar, camareras, celadores de difuntos y cobrador.

Los congregantes se reunían en juntas generales o particulares para decidir sobre los asuntos de la Congregación. La última junta tuvo lugar el 13 de septiembre de 1835. A partir de esta fecha quedó casi sin congregantes debido a la separación y disminución de empleados de la Real Casa.

A pesar de algún intento posterior de restablecer la Congregación, lo cierto es que ésta desapareció, aunque siguió existiendo la Capilla de San Juan Nepomuceno, para cuya administración se nombró el primer rector en 1842 en la persona de Tomás Muñico. Posteriormente serían nombrados Tomás Pérez Sandonis en 1886 y Santos García Pérez en 1911.