La advocación de la Virgen de Atocha se remonta a la Alta Edad Media. En el Archivo General de Palacio se conservan dos fondos documentales que tradicionalmente se han mantenido bajo el mismo epígrafe.

El fondo del Convento de Nuestra Señora de Atocha de la Orden de Santo Domingo, fundado en el siglo XVI, que hasta 1602 no fue patronato real. A pesar de contar con el favor de los monarcas, desapareció tras los decretos de exclaustración en 1834.

Sus propiedades pasaron a pertenecer al Patrimonio Real, cambiando su uso a cuartel de inválidos y la iglesia a parroquia castrense. En 1863, Pío IX le concedió la dignidad de Basílica, a instancias de Isabel II. Su posterior estado ruinoso provocó el derribo y reedificación a instancias de la María Cristina de Habsburgo. Del proyecto del arquitecto Fernando de Arbós sólo se realizó el campanil y el claustro, posteriormente utilizado como Panteón de Hombres Ilustres.

La documentación relativa al Patronato contiene privilegios, fundación de capellanías y obras pías y abundantes expedientes de Secretaría relativos a obras, personal y administración de los bienes y rentas del Patronato, y abundante contabilidad.

El Monasterio de religiosas cistercienses fue fundado en 1187 por Alfonso VIII y su esposa la reina Leonor en Burgos, convirtiéndolo en panteón real. La importancia de esta institución en el ámbito castellano medieval está fuera de toda duda.

Por un lado, pronto consiguió ser la casa matriz de la Orden del Císter en la Corona de Castilla (1199) y, por otro, destacó su peculiaridad canónica traducida en el ejercicio de una jurisdicción quasi episcopal nullius diócesis, que incluía la impartición de justicia y recibir la profesión religiosa de los frailes del Hospital del Rey. Su señorío se extendió sobre numerosas villas y propiedades, recibiendo de los monarcas donaciones y privilegios.

La documentación conservada se refiere al gobierno y administración del Patronato, fundamentalmente generada por la Real Casa. Entre sus series documentales destacan privilegios y mercedes reales, reglamentos, bulas y breves, expedientes de secretaría relativos a obras, personal, administración de bienes y rentas, así como abundante contabilidad.

Todas estas series documentales complementan a la documentación conservada en el Archivo del Monasterio de las Huelgas.

La iglesia y hospital de Nuestra Señora de Montserrat, conocida también como de los Aragoneses o de la Corona de Aragón fue una fundación del caballero catalán Gaspar de Pons, quien en 1616 ofreció a Felipe III 5.000 ducados y una villa de recreo que poseía en el actual barrio de Lavapiés con el fin de dotar este establecimiento para socorro de los naturales de los reinos de la Corona de Aragón, situándolo bajo la protección real.

El gobierno del Patronato fue ejercido en nombre del Rey por el Consejo de Aragón. En 1658 se trasladó a un edificio de nueva planta en la plaza de Antón Martín.

En 1707, tras la supresión del Consejo de Aragón, quedó bajo la jurisdicción de la Cámara de Castilla. Durante el siglo XIX, tras el breve periodo del Gobierno Provisional y I República, cuando fue administrado por el Ministerio de la Gobernación, pasó a depender directamente de las diferentes oficinas de la Real Casa. Sin embargo, la fundación había entrado ya en decadencia, habiéndose cerrado el Hospital en 1872. Finalmente, la Intendencia de la Real Casa decretó el derribo de la iglesia por ruina del edificio en 1903, subsistiendo todavía el Patronato hasta la II República.

La documentación conservada se refiere al gobierno y administración del Patronato. Entres sus series documentales citamos los reglamentos, privilegios, bulas y breves, expedientes de secretaría relativos a obras, personal, administración de bienes y rentas y administración de la iglesia y de la enfermería, así como abundante contabilidad

Los orígenes de este patronato de carácter asistencial se remontan al Hospital Real de Corte, ubicado en la Puerta del Sol madrileña y dedicado a cuidar de la salud de los criados de la Real Casa. Felipe II ordenó construir una nueva iglesia y hospital en 1590. En estos años, dos frailes de la Orden fundada por fray Bernardino de Obregón encontraron una imagen de la Virgen, que pronto pasó a denominarse del Buen Suceso, y que se colocó definitivamente en la iglesia en 1641.

El templo sufrió el saqueo de las tropas napoleónicas el 2 de mayo de 1808, convirtiéndose en cuartel y hospital. Demolido en 1845, el Real Patrimonio cedió unos solares en la calle de la Princesa para la construcción de una nueva iglesia y hospital.

En 1940, el Patronato quedó integrado entre los bienes del Patrimonio Nacional, que cedió los edificios para hospital del Ejército del Aire hasta 1969. La reordenación urbanística de la zona llevada a cabo por el Ayuntamiento en 1970 dio lugar al derribo de los edificios, construyendo viviendas, oficinas y una iglesia de nueva planta.

La documentación de este fondo es la propia del gobierno y administración del Patronato, se conservan series de censos, cuentas, personal, obras, libros de cuentas, testamentos, bulas, fundaciones de memorias y capellanias, solicitudes de licencia para casarse en la Iglesia, etc.

Además, existe la documentación propia de la actividad a la que se dedica el Hospital como relaciones de enfermos, cuentas de géneros necesarios para su funcionamiento, etc.

Es una documentación interesante para conocer la evolución de la sanidad y la religiosidad en España, así como de las propiedades urbanas de la Real Casa en la ciudad de Madrid.

La fundación del Convento de la Encarnación se llevó a cabo por iniciativa de la reina Margarita de Austria en 1611, que deseaba erigir una fundación en Madrid junto al Alcázar, similar a la realizada por Juana de Austria en las Descalzas Reales. La madre Mariana de San José se puso al frente de la fundación, establecida provisionalmente en el Convento de Santa Isabel. Mientras tanto, se acometía la construcción del edificio en el lugar elegido, la Huerta de la Priora, junto al Alcázar, que se encargó a los arquitectos Juan Gómez de Mora y Fray Alberto de la Madre de Dios, inaugurándose oficialmente el 2 de julio de 1616.
La mayor parte de la documentación del Patronato conservada en el Archivo General de Palacio data del siglo XIX y especialmente a partir de 1876, fecha en que se hace cargo de su administración la Intendencia General. En su mayoría son expedientes de administración relativos a obras y cuentas del Patronato.

También se custodia documentación anterior sobre limosnas y socorros concedidos por los Reyes y autorizaciones para ingreso de religiosas.

El Convento de la Visitación de Agustinas Recoletas, conocido como Convento de Santa Isabel, fue fundado en Madrid el 24 de diciembre de 1589 por el beato fray Alonso de Orozco, predicador de Felipe II.

Los ruidos y escándalos producidos por la vecindad del corral de Comedias de la calle del Príncipe provocaron, a petición de las monjas, la intervención de la reina Margarita de Austria. Así, a partir de 1610 el Convento inició una nueva vida como Patronato Real en la antigua casa de Antonio Pérez, en la calle Atocha, asumiendo el recogimiento de niñas fundado por Isabel Clara Eugenia en Alcalá de Henares, y la reforma recoleta de las religiosas de la Encarnación, que cohabitaron el convento hasta 1616.

El archivo del convento sufrió un incendio durante la Guerra Civil, por lo que las series documentales del Archivo General de Palacio son la única fuente sobre esta fundación, aunque contiene más información sobre el colegio que sobre el convento.

Se conserva documentación referente a las rentas, obras, asuntos judiciales, personal, fundaciones de capellanias, libros de cuentas, etc.

No existe escritura fundacional, pero a través de un decreto de agosto de 1873 se sabe que el colegio fue fundado por Felipe II hacia 1585 para albergue y educación de niñas huérfanas y pobres. Se instaló en unas casas adquiridas a tal efecto en la calle de Atocha junto a la plaza de Antón Martín, ampliándose durante el reinado de Felipe IV.

La emperatriz María de Austria lo favoreció con pensiones y Felipe V por decreto de 26 de noviembre de 1733 rescató el Patronazgo que el Papa Sixto V se había apropiado y otorgó nuevas constituciones el 7 de octubre de 1738.

En un principio se admitían con preferencia a las hijas de criados de la Casa Real, posteriormente, durante el siglo XIX, se convertiría en un pensionado de jóvenes pudientes, donde se reservaban 20 plazas para becarias, hijas de empleados de la Real Casa.

Durante el reinado de Alfonso XII, el Patronato decide derribar el antiguo Colegio de la plaza de Antón Martín y sustituirlo por otro de nueva planta en la calle O’Donnell cuya construcción acaba en 1893.

En 1894, la reina regente María Cristina cedió su gestión y uso a la comunidad de las Agustinas de la Asunción. Después del abandono que sufrió durante la Guerra Civil, en 1939 pasó a ser gestionado por la Congregación de las Religiosas Esclavas del Divino Corazón, sin perder el carácter educativo del Patronato.

La documentación de este fondo es la propia del gobierno y administración del Patronato, se conservan series de cuentas, personal, obras, privilegios y mercedes, fundaciones de memorias y capellanías, partidas de bautismo y matrimonio, títulos de propiedad, asuntos judiciales, etc.

Además, se conserva también documentación propia del Colegio como son relaciones de colegialas, solicitudes de ingresos, informes o expedientes de las mismas.

A pesar de ser una fundación de la Corona del siglo XV, no fue Real Patronato hasta el siglo XIX. Tras la exclaustración de 1836 la iglesia de San Jerónimo fue parroquia del Real Sitio de Buen Retiro.

En 1841, la iglesia pasó nuevamente al control del Estado y la Real Casa presentó numerosas reclamaciones fundadas en que durante siglos había sido lugar de reunión de Cortes y de juras de príncipes. Finalmente, en 1851 se permutó la iglesia, convento y huerta, propiedad del Estado, con el Cuartel de San Gil, propiedad de la Corona.

La primera mención de una vinculación como patronato real figura en la Ley de 1876. Tan solo dos años después, en 1878, el Real Patrimonio cedía el templo y claustro al arzobispado de Toledo.

La escasa documentación conservada en este fondo se refiere a la administración del Patronato entre 1875 y 1878. También forma parte del mismo, documentación anterior como un privilegio de Enrique IV, confirmaciones de privilegios anteriores por parte de Felipe II, Felipe III y Felipe IV y actas capitulares de 1548 a 1594.

Fundado en 1195 por Alfonso VIII con funciones asistenciales para peregrinos y enfermos pobres. A partir de 1212, su fundador decidió que tanto jurisdiccional como administrativamente el Hospital dependiese del Monasterio de las Huelgas, aunque delegando numerosas competencias en el Comendador del Hospital.

El grueso del fondo documental se conserva en el Archivo General de Palacio (integrado en el Fondo del Monasterio de las Huelgas) donde fue trasladada la documentación que todavía se conservaba en el Hospital a partir de una orden de la Intendencia General de la Real Casa y Patrimonio en 13 de enero de 1911.

La documentación de este fondo es la propia del gobierno y administración del Patronato, se conservan series de compraventas, donaciones, censos, cuentas, juros, personal, expedientes de obras, privilegios y mercedes, pleitos y causas, etc.

Además, existe la documentación propia de la actividad a la que se dedica la institución, en este caso asistencia y beneficencia, como cuentas de enfermos y de géneros suministrados a la enfermería, solicitudes de ingreso y admisión de enfermos, historiales de enfermos, partes diarios de los alimentos que se suministraban en la enfermería, etc.

Levantado sobre el palacio mudéjar de Alfonso XI, el Real Convento de Santa Clara fue fundado en 1363 por la infanta Beatriz, a quien Pedro I donó en su testamento la villa de Tordesillas. También ordenó que en este palacio se dotase una casa para la Orden de Santa Clara.

La importancia de Tordesillas en diversos sucesos de gran transcendencia en la Baja Edad Media castellana es proporcional a la atención prestada por los Trastamara a la comunidad, que se refleja en las numerosas obras de reforma y ampliación que se sucedieron durante los siglos XV y XVI, completando un conjunto monumental que incluye los baños árabes.

La documentación conservada se refiere al gobierno y administración del Patronato. Entre sus series documentales destacan privilegios y mercedes reales, reglamentos, bulas y breves, expedientes de secretaría relativos a obras, personal, administración de bienes y rentas, así como abundante contabilidad.

El Monasterio de Religiosas Franciscanas Clarisas de la Madre de Dios de la Consolación fue fundado por la princesa Juana de Austria en 1557 siendo regente de Castilla por ausencia de su hermano Felipe II, y asesorada por su confesor, el jesuita Francisco de Borja, duque de Gandía.

El nuevo convento se ubicó en el antiguo palacio del Contador de Castilla, cuyas obras de acondicionamiento finalizaron en agosto de agosto de 1559. El convento tuvo siempre una estrechísima relación con los miembros de la Familia Real, quienes lo beneficiaron con la concesión de numerosos privilegios.

La documentación procedente del Real Convento contiene documentos relativos a la fundación del Convento, dotación de capellanías y administración de bienes y rentas desde el siglo XVI.

La documentación de la Real Casa data en su mayor parte del siglo XIX y contiene expedientes de administración del Patronato y contabilidad.

Conocido como Colegio de Doncellas Nobles fue fundado por Juan Martínez Silíceo, cardenal arzobispo de Toledo en 1551. El fundador, en su última disposición testamentaria, el 10 de mayo de 1557, dispuso que fueran patronos de dicho colegio los Reyes y el Arzobispo de Toledo. Fue en 1560, ya fallecido el cardenal Silíceo, cuando Felipe II dictó carta de aceptación del patronazgo.

La finalidad de esta institución es la de recoger niñas para educarlas convirtiéndose así en la primera institución educativa dedicada exclusivamente a la mujer.

La época de esplendor del Colegio fue durante los primeros años del siglo XX, hasta 1950, fecha en que se produce la decadencia de la institución por falta de medios económicos.

Se conservan principalmente expedientes escolares de las niñas y expedientes de personal del colegio.