La advocación de la Virgen de Atocha se remonta a la Alta Edad Media. En el Archivo General de Palacio se conservan dos fondos documentales que tradicionalmente se han mantenido bajo el mismo epígrafe.

El fondo del Convento de Nuestra Señora de Atocha de la Orden de Santo Domingo, fundado en el siglo XVI, que hasta 1602 no fue patronato real. A pesar de contar con el favor de los monarcas, desapareció tras los decretos de exclaustración en 1834.

Sus propiedades pasaron a pertenecer al Patrimonio Real, cambiando su uso a cuartel de inválidos y la iglesia a parroquia castrense. En 1863, Pío IX le concedió la dignidad de Basílica, a instancias de Isabel II. Su posterior estado ruinoso provocó el derribo y reedificación a instancias de la María Cristina de Habsburgo. Del proyecto del arquitecto Fernando de Arbós sólo se realizó el campanil y el claustro, posteriormente utilizado como Panteón de Hombres Ilustres.

La documentación relativa al Patronato contiene privilegios, fundación de capellanías y obras pías y abundantes expedientes de Secretaría relativos a obras, personal y administración de los bienes y rentas del Patronato, y abundante contabilidad.