No existe escritura fundacional, pero a través de un decreto de agosto de 1873 se sabe que el colegio fue fundado por Felipe II hacia 1585 para albergue y educación de niñas huérfanas y pobres. Se instaló en unas casas adquiridas a tal efecto en la calle de Atocha junto a la plaza de Antón Martín, ampliándose durante el reinado de Felipe IV.

La emperatriz María de Austria lo favoreció con pensiones y Felipe V por decreto de 26 de noviembre de 1733 rescató el Patronazgo que el Papa Sixto V se había apropiado y otorgó nuevas constituciones el 7 de octubre de 1738.

En un principio se admitían con preferencia a las hijas de criados de la Casa Real, posteriormente, durante el siglo XIX, se convertiría en un pensionado de jóvenes pudientes, donde se reservaban 20 plazas para becarias, hijas de empleados de la Real Casa.

Durante el reinado de Alfonso XII, el Patronato decide derribar el antiguo Colegio de la plaza de Antón Martín y sustituirlo por otro de nueva planta en la calle O’Donnell cuya construcción acaba en 1893.

En 1894, la reina regente María Cristina cedió su gestión y uso a la comunidad de las Agustinas de la Asunción. Después del abandono que sufrió durante la Guerra Civil, en 1939 pasó a ser gestionado por la Congregación de las Religiosas Esclavas del Divino Corazón, sin perder el carácter educativo del Patronato.

La documentación de este fondo es la propia del gobierno y administración del Patronato, se conservan series de cuentas, personal, obras, privilegios y mercedes, fundaciones de memorias y capellanías, partidas de bautismo y matrimonio, títulos de propiedad, asuntos judiciales, etc.

Además, se conserva también documentación propia del Colegio como son relaciones de colegialas, solicitudes de ingresos, informes o expedientes de las mismas.