Levantado sobre el palacio mudéjar de Alfonso XI, el Real Convento de Santa Clara fue fundado en 1363 por la infanta Beatriz, a quien Pedro I donó en su testamento la villa de Tordesillas. También ordenó que en este palacio se dotase una casa para la Orden de Santa Clara.

La importancia de Tordesillas en diversos sucesos de gran transcendencia en la Baja Edad Media castellana es proporcional a la atención prestada por los Trastamara a la comunidad, que se refleja en las numerosas obras de reforma y ampliación que se sucedieron durante los siglos XV y XVI, completando un conjunto monumental que incluye los baños árabes.

La documentación conservada se refiere al gobierno y administración del Patronato. Entre sus series documentales destacan privilegios y mercedes reales, reglamentos, bulas y breves, expedientes de secretaría relativos a obras, personal, administración de bienes y rentas, así como abundante contabilidad.

A pesar de ser una fundación de la Corona del siglo XV, no fue Real Patronato hasta el siglo XIX. Tras la exclaustración de 1836 la iglesia de San Jerónimo fue parroquia del Real Sitio de Buen Retiro.

En 1841, la iglesia pasó nuevamente al control del Estado y la Real Casa presentó numerosas reclamaciones fundadas en que durante siglos había sido lugar de reunión de Cortes y de juras de príncipes. Finalmente, en 1851 se permutó la iglesia, convento y huerta, propiedad del Estado, con el Cuartel de San Gil, propiedad de la Corona.

La primera mención de una vinculación como patronato real figura en la Ley de 1876. Tan solo dos años después, en 1878, el Real Patrimonio cedía el templo y claustro al arzobispado de Toledo.

La escasa documentación conservada en este fondo se refiere a la administración del Patronato entre 1875 y 1878. También forma parte del mismo, documentación anterior como un privilegio de Enrique IV, confirmaciones de privilegios anteriores por parte de Felipe II, Felipe III y Felipe IV y actas capitulares de 1548 a 1594.