Sección facticia que reúne los pergaminos que pertenecen a diferentes fondos, especialmente de Reales Patronatos. La Colección de Pergaminos se creó por motivos de conservación, aunque todos los documentos que han pasado a formar parte de la misma siguen manteniendo relación con el fondo documental en el que se generaron y del que forman parte.
La Colección de Pergaminos estará formada tres series fundamentales: documentos reales, documentos pontificios y documentación privada.

En el el primer grupo se integraría las numerosas donaciones, concesiones de privilegios y confirmaciones que desde los siglos medievales los reyes de Castilla concedieron a estos Reales Patronatos.
En el segundo grupo destacarían, por su volumen y contenido, las bulas y breves pontificios.

Por último, en los Reales Patronatos se conservan numerosos documentos de compraventa, permuta y donación que reflejan la propiedad de numerosos bienes raíces, que por una u otra circunstancia pasaron a formar parte de los bienes de los Reales Patronatos.