En el siglo XIX pertenecían al Patrimonio Real varios bienes y derechos en el Reino de Navarra, de cuyo gobierno, dirección y administración se encargaba la Cámara de Comptos, hasta su desaparición en 1836.

Según informe de dicha institución, las fincas pertenecientes al Patrimonio Real en esta fecha eran Las Bárdenas Reales, los Montes de Andia en la provincia de Guipuzcoa, los montes reales de Alaiz y Orraun, junto a Pamplona, la sierra de Sarvil y Alaiz, también cercana a Pamplona y la heredad del Espartal o Faja del Rey en Fustiñana sobre el canal de Tauste. El Real Patrimonio ingresaba procedente de estas posesiones el producto de derechos de pastos y de siembra, multas y lo producido por los derechos de aprovechamiento de madera y carboneo o arrendamiento de tierras. Igualmente pertenecían al patrimonio regio el derecho que pagaban las almadías a su paso por el puente de Sangüesa, y derechos sobre la sal y los frutos de cáscara que se introducían en Pamplona, así como censos o juros impuestos sobre varias fincas particulares.

De su gobierno y administración se encargaba la Cámara de Comptos hasta su desapariciónen 1836. A partir de esta fecha se creó la Administración del Real Patrimonio de Navarra, más tarde Subdelegación del Real Patrimonio de Navarra.

Durante el reinado de Isabel II se procedió a la enajenación de las fincas y montes pertenecientes a este patrimonio, que fueron adjudicados al Estado con arreglo a la ley de 12 de mayo de 1865.

El grueso de la documentación son expedientes formados por correspondencia con la Administración del Patrimonio de Navarra referida fundamentalmente a la administración, litigios y pleitos con los pueblos, contabilidad y enajenación de bienes.