Su padre, Antonio de Pontones Rubalcaba, quiso enseñarle su mismo oficio de cantero y lo llevó consigo a Palencia y Escalona. El muchacho se aficionó a la arquitectura y su padre decidió enviarlo a Valladolid, donde sacó el título de arquitecto, que ejerció con buen éxito: restauró las bóvedas de la iglesia del Monasterio benedictino de Sahagún, construyó la capilla del Pilar en la Catedral de Ciudad Rodrigo, y otras diversas obras. Parece ser que por aquel entonces los maestros de obras realizaban sus trabajos con poco escrúpulo, lo que motivó que fray Antonio enviara al Consejo de Castilla un escrito informando sobre estas inmoralidades y pidiendo su remedio, lo que le ocasionó tantos y tan graves contratiempos que, cansado de estas luchas, se determinó a ingresar en el Monasterio jerónimo de Santa María de la Mejorada (Olmedo, Valladolid) en 1744, no siendo obstáculo la nueva vida para que siguiera ejerciendo su oficio no sólo en su propio monasterio, sino en otros de su Orden y aún en otros lugares. Destacan sus trabajos en El Escorial, principalmente la mina subterránea o Cueva de Montalvo, que le mereció el título de arquitecto real, dado por Carlos III. Se le conoce también con el nombre de fray Antonio de San José Pontones.
Obras de ~: Arte de molineros, o tesoro económico para La Mejorada, s. f.; Arquitectura hidráulica en la fábrica de puentes [...], s. f. (Colegio oficial de Arquitectos de Madrid, ms. XVIII - 138; Biblioteca del Centro Cultural de los Ejércitos, Madrid, n.º 3925).
Sus principales obras fueron en monasterios jerónimos: el Monasterio de los Jerónimos de San Pedro de la Ñora (Guadalupe, Murcia), llamado El Escorial murciano, el Real Monasterio de la Mejorada (Olmedo), el Monasterio de San Lorenzo de El Escorial y el Monasterio de Nuestra Señora del Prado (Valladolid).
Fuera del entorno monástico estuvieron sus intervenciones en la Sacristía Mayor de la Catedral de Burgos, la reforma de la Iglesia Arciprestal de Santa María del Salvador (Chinchilla de Montearagón) y el Camarín de la Virgen de la Vega de Alcazarén (Valladolid). También asesoró en la reforma de la Catedral de Murcia.
