El Archivo conserva escasa documentación perteneciente a la Secretaría General y al Cuarto Militar, fundamentalmente series de contabilidad y de personal.

La II República se proclamó el 14 de abril de 1931 y trajo como consecuencia que se dictara un Decreto el 20 del mismo mes ordenando la incautación por el Estado de los bienes del “Patrimonio que fue de la Corona de España”. Este Decreto fue aprobado y ratificado más tarde por las Cortes mediante la Ley de 9 de septiembre de 1931.
El Decreto de incautación nada decía sobre el destino y régimen que había de darse a los bienes que componían el Patrimonio. Tenía, por tanto, carácter provisional. Otro Decreto dictado días más tarde (22 de abril) creaba una Comisión encargada de dirigir los Patrimonios confiados a la extinguida Casa Real. La medida era igualmente interina.
Esta ordenación vino a establecerse por la Ley de 22 de marzo de 1932, cuyo principal objeto es determinar el destino de los bienes del antiguo Patrimonio y la creación del llamado “Patrimonio de la República”.
Todos los bienes del que fue Patrimonio de la Corona pasan a formar un todo, bajo la denominación de “Patrimonio de la República”. Se exceptúan aquellos cuya eliminación hubiere sido acordada anteriormente, los de los reales Patronatos (administrados por el Ministerio de la Gobernación, en virtud del Decreto de 22 de abril de 1931) y aquellos cuya cesión se considere absolutamente necesaria para el desenvolvimiento urbano de los municipios en donde radican.
Los bienes del Patrimonio de la República se destinan principalmente a fines de carácter científico, artístico, sanitario, docente, social y de turismo, en relación con la especial naturaleza de cada uno de ellos, y sin perjuicio del rendimiento económico que puedan proporcionar.
Para la administración y gobierno del Patrimonio se crea un Consejo de régimen autónomo, bajo la inspección del Ministerio de Hacienda, constituido por un presidente, un secretario, un interventor y doce vocales, dentro del cual se formará un Comité de Gerencia (con cinco vocales).
A diferencia de los que ocurrió en la Primera República, y aún de los dispuesto anteriormente por la Ley de 1869, no se formula la regla general de la enajenación de los bienes del Patrimonio. Se tiende a mantener en un núcleo, diferenciado de los demás bienes estatales, los del antiguo Patrimonio, si bien cambiándoles no sólo la denominación, sino principalmente el destino.
Las disposiciones de la Ley fueron completadas poco después por las del Reglamento provisional para la explotación y gobierno de los bienes que constituyen el Patrimonio de la República y para el régimen de su Consejo de Administración, aprobado en virtud del Decreto de 13 de junio de 1932.
Iniciada la Guerra Civil, un Decreto del Ministerio de Hacienda de 2 de diciembre de 1936 suspendió en sus funciones al Consejo de Administración, y en sustitución nombró un consejero delegado del Gobierno que asumió todas sus competencias.
La Ley de 15 de junio de 1939 cambiará su denominación del Patrimonio de la República, llamándose en lo sucesivo Patrimonio Nacional.

El Real Monasterio de San Lorenzo de El Escorial fue fundado por Felipe II en 1567. A él se anexionó la Real Abadía de Santa María de Parraces, que durante los siglos XIV y XV había llegado a ser uno de los señoríos de abadengo más importantes de Castilla, siendo su riqueza la base económica de la fundación de Felipe II.

Por ello, el fondo del Real Monasterio incluye también el archivo de Santa María de Parraces, con la documentación más antigua que se conserva actualmente en el Archivo General de Palacio, que se remonta a 1148. De los fondos de los Reales Patronatos es, sin duda, el más completo, pues se remitió íntegramente al Archivo en 1869.

El Monasterio de El Escorial se concibió como residencia real, pero también como panteón, y desde sus orígenes se convirtió en el buque insignia de la política religiosa y cultural del monarca, además de reflejo de su poder político.

La documentación conservada se refiere al gobierno y administración del Patronato. Contiene numerosos privilegios y donaciones reales, documentación emanada de la autoridad eclesiástica y numerosas escrituras de donaciones y ventas particulares que conformaron su patrimonio. Se halla también la carta de fundación, de rica encuadernación escurialense, el testamento y codicilo de Felipe II y la correspondencia que mantuvo con los cuatros priores y artistas que intervinieron en las obras, así como documentación de gobierno y régimen interior del monasterio. Destaca también por su singularidad la serie de los Libros de entregas en los que se registran los miles de objetos artísticos (pinturas, telas, ornamentos y orfebrería litúrgica, libros, mapas, grabados, dibujos, muebles, instrumentos científicos) y reliquias con los que Felipe II dotó al Monasterio, y que continuó Felipe III.

Se conservan también series documentales de reglamentos, bulas y breves, expedientes de secretaría relativos a obras, personal, administración de bienes y rentas, así como abundante contabilidad.

Contiene:

• Cartas y reales cédulas para pagar gajes a criados.
• Asientos de gentilhombres de la cámara y casa, médicos, mayordomos mayores, escribanos, y damas de la Reina.
• Consultas y provisiones reales.
• Expedientes relativos al Soto de Roma y dehesa de Chiplana.

Contiene:

• Donativo de los criados.
• Libro de pagos por obras y trabajos a maestros y oficiales, que incluye pagos a Velázquez.
• Expedientes relativos al Soto de Roma.
• Asientos de intervención de las pensiones, gajes y otros gastos.
• Registro de cédulas de expedición de libranzas para pagos de la Casa de la Reina.
• Cédulas de libranza de pagos.
• Asientos de damas de la Reina, azafatas de infantes, meninos, médicos de familia, guardamangiers, gentilhombres, caballerizos de la Reina, y lacayos.
• Propuestas para ayuda de la Botica, protomédico y examinadores de médicos.
• Órdenes para la provisión de plazas.
• Modo de recibir a los entretenidos de los oficios.
• Expedientes sobre raciones.
• Mercedes de casas de aposento.
• Gastos, mermas de cebada, lista de oficiales, gajes y emolumentos, jornadas y obras de las Caballerizas.

La mayor parte de la documentación de la Secretaría es Correspondencia, bien con otros miembros de Casas Reales europeas, presidentes o ministros de gobierno, militares, eclesiásticos o simples particulares. Entre estos últimos figuran aristócratas, personajes conocidos del mundo de la cultura, o personas anónimas que escriben al Rey, bien por adhesión, simpatía o con peticiones particulares. El contenido de esas cartas otorgan a la serie de correspondencia un interés que traspasa lo estrictamente “doméstico” de la Real Casa, pues existe mucha correspondencia relacionada con política interior o exterior de España, como los conflictos bélicos en Marruecos, Cuba, Puerto Rico y Filipinas. Mención especial merece la actuación humanitaria llevada a cabo durante la I Guerra Mundial en las series de la “Oficina de Guerra Europea”, creada dentro de la Secretaría Particular de Alfonso XIII durante la contienda.