La fundación del Convento de la Encarnación se llevó a cabo por iniciativa de la reina Margarita de Austria en 1611, que deseaba erigir una fundación en Madrid junto al Alcázar, similar a la realizada por Juana de Austria en las Descalzas Reales. La madre Mariana de San José se puso al frente de la fundación, establecida provisionalmente en el Convento de Santa Isabel. Mientras tanto, se acometía la construcción del edificio en el lugar elegido, la Huerta de la Priora, junto al Alcázar, que se encargó a los arquitectos Juan Gómez de Mora y Fray Alberto de la Madre de Dios, inaugurándose oficialmente el 2 de julio de 1616.
La mayor parte de la documentación del Patronato conservada en el Archivo General de Palacio data del siglo XIX y especialmente a partir de 1876, fecha en que se hace cargo de su administración la Intendencia General. En su mayoría son expedientes de administración relativos a obras y cuentas del Patronato.

También se custodia documentación anterior sobre limosnas y socorros concedidos por los Reyes y autorizaciones para ingreso de religiosas.

En la agrupación denominada Administrativa General se conservan los expedientes relativos al gobierno y administración de la Real Casa sin atender a la separación por reinados.
Son numerosas las series que la conforman, entre las que destacan las siguientes:

• Bellas Artes (1554-1925): Serie que agrupa la documentación relativa a escultura, pintura, arquitectura, literatura, orfebrería y fotografía, relaciones de mecenazgo de las Casa Real, compras y adquisiciones, restauraciones, traslados, etc.
• Beneficencia (1579-1928): Serie sobre la relación que la Casa Real tiene con diferentes comunidades, instituciones religiosas, hospitales, colegios, etc., por la que se conceden diversas ayudas y limosnas.
• Bolsillo Secreto (1675-1930): Cuentas de compras y gastos particulares de los monarcas e infantes.
• Espectáculos, fiestas y juegos (1570-1931): Abonos y subvenciones a los teatros de Madrid, carreras de caballos, comedias en el Buen Retiro, convites y comidas, cotillones, fiestas de toros, juego de polo, mascaradas, operas y conciertos, proyección de películas, representaciones en el teatro de Palacio, tiro de pichón, etc.
• Fábricas (1700-1914): Documentación de las reales fábricas de tapices, cera, gas y porcelana.
• Inmuebles (1570-1916): Obras en diversos inmuebles de propiedad real, alquileres, etc.
• Inventarios (1614-1910): Serie que agrupa los inventarios de los Reales Sitios.
• Instrucción Pública: Documentos relacionados con las escuelas de Palacio y centros oficiales y particulares, de carácter científico y pedagógico.
• Reglamentos (1749-1923).
• Títulos de Propiedad (s.XII-XX): Escrituras de las posesiones del Real Patrimonio, ordenadas por Administraciones o Sitios Reales.
• Obras (1554-1931): Dividida en dos partes, por un lado, las obras y reparaciones del Real Alcázar de Madrid y la construcción del nuevo Palacio Real, y por otro, gastos de obras y reparaciones de los demás palacios y casas reales.

Contiene:

• Cartas y reales cédulas para pagar gajes a criados.
• Asientos de gentilhombres de la cámara y casa, médicos, mayordomos mayores, escribanos, y damas de la Reina.
• Consultas y provisiones reales.
• Expedientes relativos al Soto de Roma y dehesa de Chiplana.

Contiene:

• Donativo de los criados.
• Libro de pagos por obras y trabajos a maestros y oficiales, que incluye pagos a Velázquez.
• Expedientes relativos al Soto de Roma.
• Asientos de intervención de las pensiones, gajes y otros gastos.
• Registro de cédulas de expedición de libranzas para pagos de la Casa de la Reina.
• Cédulas de libranza de pagos.
• Asientos de damas de la Reina, azafatas de infantes, meninos, médicos de familia, guardamangiers, gentilhombres, caballerizos de la Reina, y lacayos.
• Propuestas para ayuda de la Botica, protomédico y examinadores de médicos.
• Órdenes para la provisión de plazas.
• Modo de recibir a los entretenidos de los oficios.
• Expedientes sobre raciones.
• Mercedes de casas de aposento.
• Gastos, mermas de cebada, lista de oficiales, gajes y emolumentos, jornadas y obras de las Caballerizas.

Entre las series que contiene, podemos destacar las siguientes:

• De las Caballerizas, aquellas que tienen que ver con los diferentes oficios de manos, como las "Cuentas de gastos ordinarios y extraordinarios" y las "Cuentas de maestros de coches". También se conservan en la Veeduría numerosas "Contratas de oficios y proveedores", "Inventarios de efectos del Guadarnés" e "Inventarios de desechos, de caballerías, coches y otros bienes desechados". También hay abundante información relativa a viajes y "Cuentas de jornadas y batidas", con las relaciones de los criados de las diferentes oficinas y cuarteles que iban a cada jornada y el pago de las mesillas correspondientes, además de las numerosas cuentas de los oficios por los gastos que acontecían. No menos importantes son los gastos relativos a "Entradas y salidas públicas" y otros acontecimientos de carácter cortesano.
• De la Cámara, encontramos las "Cuentas de gastos", presentadas por el jefe del Guardarropa y el boticario mayor, como por ejemplo las plantas medicinales y todo tipo de sustancias orgánicas y minerales para la preparación de medicamentos, efectos para la Botica y otros gastos menores.
• De la Casa, se conservan las "Cuentas de gastos extraordinarios", en las que aparecen numerosas facturas de los pintores que realizaron los modelos de tapices destinados a las habitaciones de los diferentes palacios, y en las de gastos ordinarios se conservan gran número de facturas y recibos de numerosos oficios de manos. También a través de las cuentas de gastos ordinarios y extraordinarios de los oficios podemos documentar algunas fiestas, por ejemplo, el Carnaval o la Semana Santa. Igualmente se conservan relaciones, notas, borradores de informes, sin aparente unidad, que eran elaborados por el grefier a petición de cualquier jefe de la Real Casa, y que documentan la celebración de determinadas fiestas o actos extraordinarios en palacio. Otra serie es la generada en las oficinas del contralor y grefier que tiene que ver con las numerosas contratas de proveedores. Pero si lo que tratamos de documentar es el desarrollo de una jornada se conserva entre las series documentales de la Real Casa una muy extensa denominada expedientes de jornadas y jornadillas o batidas, que nos informa del trámite y desarrollo de cada jornada y de los gastos de su ejecución.
• De la Real Capilla, la serie de expedientes de la Secretaría de Estado de Hacienda nos informa sobre los gastos en la adquisición y fabricación de alhajas, vestidos y ornamentos litúrgicos de la Real Capilla, como por ejemplo, la custodia grande, la pequeña, oratorios portátiles de los infantes, ternos o libros de coro.