El 10 de septiembre de 1752, fecha en que se bendijo la nueva iglesia de Nuestra Señora del Rosario en el Real Sitio de San Ildefonso, los maestros grabadores alemanes de la Real Fábrica de Cristales de San Ildefonso solicitaron a la reina Isabel de Farnesio la concesión de una capilla en dicha iglesia para dedicarla a San Juan Nepomuceno, lo cual les fue concedido por Real Decreto de 16 de septiembre de dicho año. Esta concesión fue la base para la fundación de la Real Congregación de San Juan Nepomuceno catorce años más tarde, por Decreto del Ilustrísimo Abad de San Ildefonso de 28 de febrero de 1766.

Para su gobierno se formaron Constituciones en este mismo año de su fundación, que serían reformadas en 1777 y posteriormente, en 1829.

Según estas Constituciones, la Congregación se situaba bajo la protección real perpetua, y el gobierno espiritual recaía en el Canónigo Penitenciario de la Real Colegiata y Abad del Real Sitio de San Ildefonso, siendo los cargos principales el Hermano Mayor y su teniente, los consiliarios, el secretario, el contador y el tesorero. Otros empleos de la Congregación eran el maestro de ceremonias, los comisarios de fiestas, mayordomos de altar, camareras, celadores de difuntos y cobrador.

Los congregantes se reunían en juntas generales o particulares para decidir sobre los asuntos de la Congregación. La última junta tuvo lugar el 13 de septiembre de 1835. A partir de esta fecha quedó casi sin congregantes debido a la separación y disminución de empleados de la Real Casa.

A pesar de algún intento posterior de restablecer la Congregación, lo cierto es que ésta desapareció, aunque siguió existiendo la Capilla de San Juan Nepomuceno, para cuya administración se nombró el primer rector en 1842 en la persona de Tomás Muñico. Posteriormente serían nombrados Tomás Pérez Sandonis en 1886 y Santos García Pérez en 1911.

La Real Congregación del Alumbrado y Vela del Santísimo Sacramento del Altar, establecida canónicamente en la Capilla Real de Palacio, se fundó el 15 de agosto de 1789, extendiéndose después a todas las iglesias sujetas a la jurisdicción del Patriarca de Indias. El primer año de su creación se limitó la pertenencia a los criados de la Real Casa, pero después se extendió a todos los fieles que lo desearan.

Sus fines consistían en procurar que en todos los altares donde hubiera un sagrario se mantuvieran dos luces (Alumbrado) y que fuera velado por los congregantes por turnos de media hora (Vela). Siguiendo a esta congregación se crearon otras en distintos lugares de España y América

Vinculadas estrechamente con la Real Casa son también varias instituciones religiosas que establecían relaciones de hermandad entre diferentes criados de la Real Casa. Todos ellos tenían como patronos a los reyes y miembros de la Familia Real y estaban regidos por sus propias constituciones.

La Real Hermandad fue creada por iniciativa de varios criados de la Real Casa en 1604, estando la Corte en Valladolid, con el fin de socorrerse y prestarse ayuda mutua tanto espiritual como material (en el fallecimiento y entierro de criados, ayuda a viudas y huérfanos, etc.). Cuando la Corte se trasladó a Madrid, la Real Hermandad se estableció en la iglesia de San Felipe el Real y posteriormente, en 1618, en la del Monasterio de la Encarnación, donde permaneció hasta su extinción en 1868.

Durante su larga existencia solo permaneció inactiva durante la época napoleónica, pues en 1810 dejaron de celebrarse juntas, no volviéndose a reiniciarse su actividad hasta 1815.

El rey fue patrono de la Hermandad y el mayordomo mayor su protector nato. A él se debe el gobierno material de dicha hermandad, siendo el patriarca de Indias el encargado de su gobierno espiritual. Cargos de dicha Hermandad eran los consiliarios, secretario, contador, tesorero, archivero, mayordomos (encargados de las celebraciones de iglesia) y diputados. Además la Hermandad celebraba juntas particulares (a las que concurrían los hermanos con cargo y que eran denominadas de gobierno) y generales (donde concurrían todos los hermanos). La fiesta principal se celebraba el 25 de marzo, fiesta de la Encarnación.

La Real Hermandad acudía a los entierros y honras fúnebres de miembros de la Familia Real con su estandarte y a otras funciones públicas. Prestaba asistencia a los criados de la Real Casa en sus enfermedades y entierros, así como a las viudas y huérfanos.

La documentación de este fondo contiene constituciones y ordenanzas, bulas y otros privilegios concedidos a la Hermandad, actas de las juntas, solicitudes para el ingreso de hermanos, patentes de hermanos, expedientes de Secretaría y contabilidad.