Desde el siglo XVI la Real Casa se constituyó en la institución que se ocupaba de la economía doméstica y de los asuntos privados del monarca, funciones heredadas de la Curia Regia medieval. Durante el Antiguo Régimen esta división quedó un poco difusa: por un lado los jefes de mayor rango de la Casa Real ocupaban también los más altos cargos en las instituciones de gobierno del Estado; por otro, los asuntos de administración de la Real Casa y del Patrimonio se mezclaban con los generales de los reinos. Así el gobierno fue ejercido por diversas juntas, siendo sustituidas a mediados del siglo XVIII por las Secretarías del Despacho. En 1814 se produjo la definitiva separación del gobierno de la Real Casa de los asuntos del Estado.
En cuanto a la jurisdicción, durante el Antiguo Régimen, además de la jurisdicción real ordinaria, existieron una serie de jurisdicciones especiales, aquellas que funcionaban al margen de la red de tribunales de justicia real ordinaria. Entre otras, se encontraba la de la Casa Real, bajo la que se situaban los criados de la Real Casa. Por lo tanto, la división Jurídica del Archivo General de Palacio contiene los procesos judiciales que afectaban a cualquier persona que prestara sus servicios en la Casa Real, incluyendo además a los soldados de las diferentes Guardias Reales, e incluso, en algunos momentos, a los proveedores reales. Durante el Antiguo Régimen la Real Junta de Bureo asumió, además de las gubernativas, las competencias judiciales sobre los criados de la Real Casa. Su función era actuar como tribunal para todo el personal que gozaba del fuero privativo de la Real Casa. A lo largo de sus casi tres siglos de existencia, la Real Junta de Bureo conoció diferentes modelos de organización, variando también sus competencias judiciales. En 1815 la Junta del Bureo desapareció, quedando todas las competencias judiciales en manos la Junta Suprema Patrimonial de Apelaciones de la Real Casa y Patrimonio, institución que permaneció hasta 1836, en que desapareció la jurisdicción especial palatina. Pero la documentación judicial existente en el Archivo no solo procede de ambos tribunales, a los que sólo en la mayoría de los casos se llegaba en grado de apelación. Veamos, aunque sea de forma somera, cuál era la organización de los diferentes juzgados y tribunales. Hasta 1749, todos los procesos de los empleados de la Real Casa eran vistos por la Real Junta de Bureo correspondiente, tanto en primera instancia como en apelación. A partir de esa fecha, con la creación de los juzgados de la Casa del Rey, Casa de la Reina y Casa de la Reina Madre, la Real Junta de Bureo sólo actuaba en grado de apelación. La unificación de las casas reales en 1761 supuso la fusión de estos juzgados en el Juzgado de la Real Casa. Por otro lado, desde el siglo XVII los ramos de Cámara, Capilla y Caballerizas contaron con su propio juzgado, en los que el jefe cada uno de ellos era el juez privativo, con apelación al Bureo. También los diferentes cuerpos de guardias reales, tenían jurisdicción especial, actuando el capitán respectivo como juez privativo. En cuanto a las administraciones patrimoniales, el alcaide, gobernador o intendente respectivo poseía jurisdicción privativa civil y criminal con apelación a la Real Junta de Obras y Bosques, hasta 1768. Con la desaparición de esta junta las apelaciones se veían en la Sala de Justicia del Consejo de Castilla. Sin embargo, la documentación de las diferentes escribanías de la Real Junta de Obras y Bosques se conserva en el Archivo General de Simancas y el Archivo Histórico Nacional. A partir de 1815, el Juzgado de la Real Casa pasó también a encargarse de todas las causas y negocios de los Reales Sitios, tomando la denominación de Juzgado de la Real Casa y Patrimonio, con excepción del Juzgado Privativo de San Lorenzo de El Escorial. Los procesos en grado de apelación se veían en la Junta Suprema Patrimonial de Apelaciones. La documentación que compone la división Jurídica ha formado parte del Archivo General de Palacio desde que fue suprimida la jurisdicción especial palatina en 1836. Las series documentales generadas por estos juzgados y tribunales están compuestas por pleitos civiles por deudas, arrendamientos, compraventas y testamentarías, así como causas criminales por robos, peleas, asesinatos, malos tratos, etc.

El Archivo General de Palacio, creado por Fernando VII en 1814, reúne la documentación relativa a la administración de la Real Casa y del Patrimonio de la Corona (s. XVI-XX). También conserva las series documentales producidas por el Patrimonio de la República (1931-1939) y el Patrimonio Nacional (1939-1998), herederos en el desempeño de sus funciones de las instituciones y oficinas que administraron los bienes de la Corona hasta 1931. Desde su fundación, el Archivo ha tenido por objeto recoger, clasificar y conservar todos los documentos producidos por las distintas oficinas que se encargaban del gobierno y administración de la Real Casa y del Patrimonio de la Corona.

La documentación está clasificada en función de la procedencia de sus series documentales en cinco grupos de fondos (Jefatura del Estado, Administración Central, Archivos de la Familia Real, Sociedades, Congregaciones y Hermandades y Archivos Personales y Familiares) y seis secciones facticias, organizadas a partir de documentos de otros fondos, y que responden a criterios de conservación por su clase o formato (Personal, Registros, Planos, Mapas y Dibujos, Fotografía Histórica, Diplomas y Carteles, y Pergaminos).

En la actualidad, el Archivo General de Palacio ejerce la dirección técnica del Sistema de Archivos de Patrimonio Nacional, que está integrado además por los archivos de las delegaciones en los Reales Sitios, del Real Alcázar de Sevilla y de los Patronatos Reales (Monasterios de las Huelgas de Burgos y de las Descalzas Reales de Madrid, Conventos de Santa Clara de Tordesillas, y Encarnación y Santa Isabel de Madrid).