El Real Monasterio de San Lorenzo de El Escorial fue fundado por Felipe II en 1567. A él se anexionó la Real Abadía de Santa María de Parraces, que durante los siglos XIV y XV había llegado a ser uno de los señoríos de abadengo más importantes de Castilla, siendo su riqueza la base económica de la fundación de Felipe II.

Por ello, el fondo del Real Monasterio incluye también el archivo de Santa María de Parraces, con la documentación más antigua que se conserva actualmente en el Archivo General de Palacio, que se remonta a 1148. De los fondos de los Reales Patronatos es, sin duda, el más completo, pues se remitió íntegramente al Archivo en 1869.

El Monasterio de El Escorial se concibió como residencia real, pero también como panteón, y desde sus orígenes se convirtió en el buque insignia de la política religiosa y cultural del monarca, además de reflejo de su poder político.

La documentación conservada se refiere al gobierno y administración del Patronato. Contiene numerosos privilegios y donaciones reales, documentación emanada de la autoridad eclesiástica y numerosas escrituras de donaciones y ventas particulares que conformaron su patrimonio. Se halla también la carta de fundación, de rica encuadernación escurialense, el testamento y codicilo de Felipe II y la correspondencia que mantuvo con los cuatros priores y artistas que intervinieron en las obras, así como documentación de gobierno y régimen interior del monasterio. Destaca también por su singularidad la serie de los Libros de entregas en los que se registran los miles de objetos artísticos (pinturas, telas, ornamentos y orfebrería litúrgica, libros, mapas, grabados, dibujos, muebles, instrumentos científicos) y reliquias con los que Felipe II dotó al Monasterio, y que continuó Felipe III.

Se conservan también series documentales de reglamentos, bulas y breves, expedientes de secretaría relativos a obras, personal, administración de bienes y rentas, así como abundante contabilidad.